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上海交通大學有1個國家實驗室(籌),1個國家重大科技基礎設施,8個國家重點實驗室,1個國家級科研機構,5個國家工程研究中心,2個國家工程實驗室,1個國家級研發中心,1個國防重點學科實驗室,3個國家協同創新中心,1個國際聯合實驗室,15個教育部重點實驗室,5個衛生部重點實驗室,1個農業部重點實驗室,31個上海市重點實驗室,5個教育部工程研究中心,5個上海市工程技術研究中心,4個上海市功能型平臺,1個國家社會科學基金決策咨詢點,5個上海市哲學社會科學創新研究基地,3個上海市高校智庫,4個上海市人民政府決策咨詢研究基地(專家工作室),2個上海市軟科學基地,1個教育部高等學校軟科學研究基地,3個世界衛生組織合作中心,1個國家技術轉移中心和1個國家大學科技園;有國家基金委創新研究群體14個,教育部創新團隊20個。
上海交通大學有一級學科博士學位授權點38個,一級學科碩士學位授權點56個,博士專業學位授權點3個,碩士專業學位授權點23個,博士后流動站35個;有9個國家一級重點學科,11個國家二級重點學科,21個上海市重點學科。
世界一流學科建設學科:數學、化學、生物學、機械工程、材料科學與工程、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、土木工程、化學工程與技術、船舶與海洋工程、基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、藥學、電子電氣工程、商業與管理
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